Je skalním fanouškem světa Star Wars. Režírováním animovaného filmu Star Wars: Klonové války v produkci Lucasfilm Animation si Filoni splnil svůj dávný sen. Filoni dohlížel jak na výrobu tohoto nového příběhů z vesmíru Star Wars, tak na samostatné série seriálu.

Filoni přešel do Lucasfilm Animation z úspěšné fantastické série studia Nickelodeon Avatar: The Last Airbender. Filoni se na této sérii podílel jako režisér i tvůrce, který se svět této divácky úspěšné série dále aktivně rozvíjí. Filoni svou kariéru u animovaného filmu zahájil jako asistent režie seriálu Tatík Hill a spol., který vytvořili Mike Judge a Greg Daniels ze společnosti Film Roman. Ve Film Roman byl Filoni i asistentem režie na seriálech Mission Hill a Obloukovi, které se následně promítaly na kanálu WB. Odtud odešel do Walt Disney Television Animation, kde se různými způsoby podílel na seriálech Teamo Supremo, Kim Possible, Dave the Barbarian a Lilo & Stitch.